El club va ser fundat l'any 1971 per Dionisio Muñoz Jerez.[1] La temporada 1999-00 assolí per primer cop l'ascens a Segona Divisió B.
En la Copa del Rei de futbol 2009-10 va guanyar 4 a 0 al Reial Madrid al partit d'anada de l'eliminatòria. La mateixa temporada, va aconseguir l'ascens a Segona A, en guanyar a l'Ontinyent CF en el darrer partit de l'eliminatòria.
L'Estadi Santo Domingo és l'estadi on juga els seus partits com a local l'Agrupación Deportiva Alcorcón. Es va inaugurar el 1999 amb un partit contra el Reial Madrid que va acabar 0-0. Té una capacitat de 5.000 espectadors, tots asseguts.[2]